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陀罗尼集经卷二作数珠法相品举出一百零八、五十四、四十二、二十一颗等四种。数珠功德经亦举出四种，即一百零八、五十四、二十七、十四颗等。金刚顶瑜伽念珠经以一千零八十颗为上品，一百零八颗为最胜，五十四颗为中品，二十七颗为下品。文殊仪轨经数珠仪则品谓上品一百零八颗，中品五十四颗，下品二十七颗，最上品一千零八十颗。五十四颗，表示菩萨修行过程之五十四阶位，即十信、十住、十行、十回向、十地、四善根因地。四十二颗，表示菩萨修行过程之四十二阶位，即十住、十行、十回向、十地、等觉、妙觉。
二十七颗，表示小乘修行四向四果之二十七贤位，即前四向三果之十八有学与第四果阿罗汉之九无学。一千零八十颗，表示十界各具有一百零八，故共成一千零八十。三十六颗与十八颗之意义，一般认为与一百零八颗相同，然为便于携带，遂三分一百零八为三十六，或六分为十八，而非别有深义。然上记颗数与表征意义之差别，仅系历代祖师为方便教化所赋予之配合，而非源自原典经文所举示者。陀罗尼集经卷二列举金、银、赤铜、水晶、木槵子、菩提子、莲花子等七种。
守护国界主陀罗尼经卷九举出菩提子、金刚子、真珠、莲花子、金银诸宝，及以上诸材和合等六种。诸佛境界摄真实经卷下持念品列举香木、鍮石、铜、铁、水晶、真珠、莲花子、金刚子、间错种种诸宝、菩提子等十种。此外，曼殊室利咒藏中校量数珠功德经、金刚顶瑜伽念珠经、苏悉地羯啰经卷中供养次第法品、苏婆呼童子请问经卷上除障分品等，则分别列举十、十一、十二、十四等种类。念珠常附加母珠、数取、记子、记子留等，若以一百零八颗串成之念珠而言，所附加之母珠有一颗及两颗两种，母珠又称达磨珠。
数取又称四天珠，乃附加于一百零八颗中间之四颗小隔珠。密教之念珠，通常于第七颗与第二十一颗之后插入数取。记子又称弟子珠，一般有十颗、二十颗，或四十颗，系串于母珠之另一端，以十颗为一小串，表示十波罗蜜，捻珠念佛满一百零八遍时即拨动一记子以为计数。若记子之上部另附上透明之小珠，则称助明、净明、维摩、补处菩萨。据金刚顶瑜伽念珠经载，诸珠表示观音，母珠表示无量寿或修行成满之佛果，故捻珠至母珠时，不得越过，须逆向而还，否则即犯越法罪。
据木槵子经载，若念诵佛陀、达磨、僧伽之名，满二十万遍，而身心不乱，无诸谄曲者，则命终之后，得生第三焰天，衣食自然而得，常安乐行。另据陀罗尼集经卷二作数珠法相品载，若以金、银、赤铜、水晶等诸宝物所成之念珠，掐之诵咒、诵经、念佛，当得十种波罗蜜之功德满足，现身即得阿耨多罗三藐三菩提之果。摄真实经卷下建立道场发愿品则谓，香木之念珠，得一分之福；间错种种诸宝及菩提子念珠，于诸功德中最为殊胜，得无量无边不可说之福德。
此外，守护经、数珠功德经、瑜伽念珠经等亦皆以菩提子之功德为最殊胜。于密教中，正念诵等盛仪修法时所用之念珠与平常所持用者有所区别。盖于法会中，念诵既毕，于掌中蟠妥，顶戴发愿，其后则连同金刚杵等法器置于宝筥中或银盘上，不得与日常生活随身携行者相混用。另以材料而言，盛仪法会所用之念珠亦别于平常持用者，前者多以水晶所成，若以纯水晶所成之念珠，称为装束念珠，特用于盛仪中。以三部而言，据苏悉地羯啰经之说，佛部用菩提子，观音部用莲花子，金刚部用噜梛啰叉子之念珠。以五部而言，据守护经、瑜伽念珠经等之说，佛部用菩提子，金刚部用金刚子，宝部用金、银、琉璃等诸宝，莲华部用莲花子，羯磨部用种种材料和合而成之念珠。于各部之中，持用念珠之部位亦有顶髻、身、颈、臂等之分别。
此外，密教经典对掐捻念珠之指法亦有详细之记载，以五部而言，据摄真实经载，于佛部，应以右手拇指与食指掐之；以三部而言，据苏悉地经载，于佛部，以右手拇指与无名指之指尖相合，中指与小指直立，食指略屈附于中指中节以掐之；于莲华部，拇指与中指指尖相合，舒展其余三指而掐之；于金刚部，拇指与食指指尖相合，舒展其余三指而掐之。于密教诸尊中，手持念珠者颇多，如胎藏界外金刚部之火天、准提佛母、千手观音等皆是，其中千手观音系于其右方之一手持执念珠，称为数珠手。
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