清咸丰同治年间,全山寺院被焚毁一空。光绪年间重建时,规模缩小,仅剩感通寺、大云堂、寂照庵诸院。清康熙三十八年,在钟楼北重修圣元寺,自成一院,钟楼改为东向,与寺分隔,名为观音阁,至今保持元末明初的风格。观音阁为重檐歇山顶亭阁式建筑,双层,上层三开间,下层五开间,斗拱粗大,无纹饰。
阁三面封闭,中间开6扇格子门,次间为直棂窗,回廊前墙封闭,上有砖雕仿木斗拱。为大理地区现存古建筑中年代较早者,对研究白族古代建筑史有一定的寺庙观音雕塑。
元·郭松年《大理行记》曰:赵州之北,行约百步,地极明秀,玻璃钢寺庙观音雕塑劝丰佑保和九年,有高将军者,即此地建遍知寺。佛顶寺,今已不存,从一些史料上我们可知其在大理国时期是皇都的重要寺院。