早在十九世纪20年代,他曾到桂林考察地质结构,并被桂林特殊且复杂的地质结构所吸引。于是,在桂林建科学实验馆的设想被很快推进。李四光跃跃欲试,恨不得早日从南京到桂林来大展宏图。1937年卢沟桥事变爆发后,随着南京的沦陷,国民党政府就要求所有的中央机关都要搬迁到重庆。
但李四光不愿到重庆,而桂林成了他的首选,因为建立桂林科学实验馆的事他一直记挂在心。1937年11月下旬,在李四光的带领下,中央研究院地质研究所一行雇了两条木船,溯江而上,向桂林进发。由于交通等原因,只能运走急用之物,其余图书、标本寄存。
时值严冬,江上寒风刺骨,李四光带领全所人员及家属,在兵荒马乱之中颠沛流离。船过黄冈,经武汉后入洞庭湖到长沙,后又沿湘江奔衡阳,历尽艰辛,终于赶到桂林。